Moskva Dövlət Universitetinin rektoru, akademik Viktor Sadovniçin təşəbbüsü ilə 1990-ci illərdə ilk dəfə olaraq keçmiş SSRİ respublikalarında bu ali təhsil ocağının filiallarının yaradılmasına başlanılıb. Məqsəd Rusiyanın sərhədlər boyunca yaranan yeni müstəqil dövlətlərlə təhsil sahəsində əlaqələrinin genişləndirilməsi idi.
Bakıda isə MDU-nun filialı 2008-ci ildə yaradılıb və akademik Nərgiz Paşayeva bu təhsil ocağına rəhbərlik edir.