Национальная Академия Наук Азербайджана

- шифр специальности

- наименование специальности

03.00.15 (27. 23.03)

Генетика

Теоретический анализ структурно-функциональной организации и эволюции диспергированных повторов геномов эукариот

- шифр специальности

- наименование специальности

03.00.15 (27. 23.03)

Генетика

Компьютерный анализ организации и экспрессии генов в геномах эукариот

-         дата

-        наименование специальности

30.06.2001

генетика

- количество научных работ, опубликованных за рубежом

68

51

- Кол-во кандидатов наук

- Кол-во докторов наук

3

2. Разработан ряд средств компьютерного анализа высокой точности, которые позволюяют осуществлять поиск сайтов старта транскрипции и элементов ее реуляции, сайтов полиаденилирования первичной мРНК (PromH, PromHP, TSSP-TCM, nsite, nsiteM, nsiteH и POLYAR), создана база данных PlantProm по промоторам РНК полимеразы II растений (http://softberry.com; https://210.56.13.11/index.html).

3. У арабидосиса и риса выявлено, что безостановочная совместная транскрипции соседних генов, расположенных в манере "Хвост-Голова" (Tail-to-Head), и последующие альтернативный сплайсинг и трансляция этих транскриптов может привести к образованию химерных полипептидов.

4. Выяснены спектр и масштаб распространения пластидных и митохондриальных последовательностей ДНК в ядерных геномах ряда высших растений (арабидопсис, рис, винный виноград, черная сосна, кукуруза, соя), выявлены факты, указывающие на экспрессию интактных ядерных копий некоторых пластидных и митохондриальных генов.

1. Shahmuradov IA, Mohamad Razali R, Bougouffa A, Radovanovich A, Bajic VB (2016) bTSSfinder: a noveltoolfortheprediction of promotersinCyanobacteria and Escherichiacoli. Bioinformatics, 2016 Sep 30, Epubahead of print; DOI:10.1093/bioinformatics/btw629.

2. Shahmuradov IA, Solovyev VV (2015) Nsite, NsiteH and Nsite Mcomputer tools fors tudying transcrip tionre gulatory elements. Bioinformatics, 31,3544-3545

3. Shahmuradov IA, Abdulazimova A.U., Khan F.Z., Solovyev V.V., MustafayevN.Sh., AkbarovaY.Yu., Qamar R., Aliyev J.A. ThePlantProm DB: recentupdates. In: Proceddings of the 2012 International Conference on Biomedical Engineering and Biotechnology (iCBEB), 28-30 May 2012, Macau, China (http://www.icbeb.org/index.aspx)

4. Solovyev VV, Shahmuradov IA, Salamov AA (2010) Identification of promoter regions and regulatory sites. In: Computational Biology of Transcription Factor Binding (Methods in Molecular Biology). Editor: IstvanLadunga. Springer Science+Business Media, Humana Press, 2010, 674, Chapter 5, DOI 10.1007/978-1-60761-854-6_5.

5. Akhtar MN, Bukhari SA, Fazal Z, Qamar R, Shahmuradov IA (2010) POLYAR, a new computer program for prediction of poly(A) sites in human sequences. BMC Genomics, 11:646

6. Shahmuradov IA, Abdulazimova A.U., Aliyev JA, Qamar R, Chohan S, Solovyev VV (2010) Mono- and Bi-Cistronic Chimeric mRNAs in Arabidopsis and Rice Genomes. Applied and Computational Mathematics, 9, 19-33

7. Akbarova YA, Shahmuradov IA, Solovyev VV (2010) Possible Functional and Evolutionary Role of Plastid DNA Insertions in Rice. Applied and Computational Mathematics 2010, 9, 66-81

8. Shahmuradov IA, Solovyev VV, Gammerman AJ (2005) Plant promoter prediction with confidence estimation. Nucleic Acids Research 33(3):1069-1076

9. Shahmuradov IA, Gammerman AJ, Hancock JM, Bramley PM, Solovyev VV (2003). PlantProm: a database of plant promoter sequences. Nucl. Acids. Res. 31: 114-117

10. Shahmuradov IA, Solovyev VV (2003) PromH: promoters identification using orthologous genomic sequences. Nucl. Acids. Res., 31, 3540–3545

11. Shahmuradov IA, AkbarovaYYu, Solovyev VV, Aliyev JA (2003) Abundance of plastid DNA insertions in nuclear genomes rice and Arabidopsis. Plant Molecular Biology, 52, 923-934

12. Gordon L, ChervonenkisAYa, Gammerman A.J., Shahmuradov IA, Solovyev VV (2003). Sequence alignment kernel for recognition of promoter regions. Bioinformatics, 19, 1964–1971

13. Gordon L, ChervonenkisAYa, Gammerman AJ, Shahmuradov IA, Solovyev VV (2003) In: “Advanced in Intelligent Data Analysis V”, Proceedings of 5th International Symposium on Intelligent Data Analysis (IDA 2003), Berlin, Germany, 2003 (Eds.:Merthold M.R., Lenz H-J., Bradley E., Kruse R., Borgelt C.), Springer, 2003, p. 386-3

14. Shahmuradov IA, Akberova YY, Mustafayev NS.,Abdulazimova AU, Aliyev JA (2000) Computer analysis reveals a set of additional promoter elements upstream of maize plastid genes. In: Proceedings of The Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Novosibirsk, Russia, 2000, Part 1, p.142-144

15. Mamedov AC, Shahmuradov IA, Suleymanova ZJ, Aliev JA (1998) Some peculiarities of Cicerarietinum chloroplast genome. In: "Photosynthesis: Mechanisms and Effects”. Budapest, Vol. IV, Kluwer Academic Publishers, Netherlands, 1998, 3039-3042

16. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Phylogenetic analysis of Alu repeats. In: "Computer analysis of genetic macromolecules . Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 181-186

17. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Evolutionary dynamics of the number of Alu repeats in Human genome. - In: "Computer analysis of genetic macromolecules . Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 186-192

18. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Computer simulation of Alu repeat evolution. - In: "Computer analysis of genetic macromolecules . Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 192-196

19. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Distribution of Alu repeats in the genome: cluster formation and specificities of insertion sites. - In: "Computer analysis of genetic macromolecules . Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 197-205 Kapitonov VV, Shakhmuradov IA, Kolchanov NA (1989) Evolution of Alu repeats: Imitation model. Genetics (USSR/Russia), 25,1111-1118

20. Shakhmuradov IA, Kapitonov VV, Kolchanov NA, Omelyanchuk LV (1989). Evolution of Alu repeats: Dynamics of propagation in genome. Genetics (USSR/Russia), 25, 1682-1689

21. Kolchanov NA, Shakhmuradov IA, Kapitonov VV, Omelyanchuk LV (1988) Evolutionary aspects of the mammalian Alu repeats. Molecular Biology (USSR/Russia), 22, 1335-1344

22. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shakhmuradov IA, Solovyev VV (1987) The existence of the sites homological to the regulatory site of heat-shock in mobile genetic elements. Genetics (USSR/Russia), 12, 2112-2119

23. Bogachev SS, Blinov AG, Blinov VM, Gaidamakova EK, Kolesnikov NN, Kiknadze II, Shakhmuradov IA (1986) Some structural elements in DNA sequence from Balbiani ring of IV Chromosome of Chironomusthummi. Proceedings of Academy of Sciences of (former) USSR (now Russia), 288, 230-233

24. Shakhmuradov IA, Kolchanov NA, Solovyev VV, Ratner VA (1986) Enhancer-like structures in middle repetitive DNA elements of eukaryotic genomes. Genetics (USSR/Russia), 22, 357-367

2. Член Национального Комитета "Биоэтика,   Этика наук и технологий" при ЮНЕСКО.

Институт молекулярной биологии и биотехнологий НАНА, AZ1073, Баку, пр., Матбуат, 2a

ilhambaku@gmail.com