Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası

- ixtisas şifri

- ixtisasın adı

- mövzunun adı

03.00.15 (27. 23.03)

Genetika

Eukariot genomlarının dispers təkrarlarının quruluş-funksional təşkili və təkamülünün nəzəri analizi

- ixtisas şifri

- ixtisasın adı

- mövzunun adı

03.00.15 (27. 23.03)

Genetika

Eukariot genomlarında genlərin təşkili və ekspressiyasının kompüter analizi

-         tarix

-         ixtisasın adı

30 iyun 2014-cü il

Bioinformatika

- xaricdə çıxmış elmi əsərlərinin sayı

- beynəlxalq bazalarda referatlaşdırılan və indeksləşdirilən jurnallarda çap olunan məqalələrin sayı

68

51

-  fəlsəfə doktorlarının sayı

- elmlər doktorlarının sayı

3

2. İnsan, heyvan və bitki genomlarında transkripsiyanın start saytlarının və tənzimləyici elementlərinin, ilkin mRNT-nin poliadenilləşmə saytlarının axtarışı üzrə yüksək dəqiqliyə malik bir sıra kompüter analizi vasitələri - PromH, PromHP, TSSP-TCM, nsite, nsiteM, nsiteH və POLYAR proqramları, bitkilərin RNT polimeraza II promotorları üzrə PlantProm məlumat bazası yaradılmışdır (http://softberry.com; https://210.56.13.11/index.html).

3. Müəyyən edilmişdir ki, Arabidopsis və düyünün (Oryza sativa) nüvə genomlarında “Quyruq-Baş” (Tail-to-Head) yerləşmiş qonşu gen cütlərinin “dayanmadan” (non-stop) birgə transkripsiyası və yaranan transkriptlərin sonrakı alternativ splaysinqi və translyasiyası nəticəsində ximer polipeptidlər törənə bilər.

4. Bir sıra ali bitkilərin (Arabidopsis, düyü, şərab üzüm, qara qovaq, qarğıdalı, soya) nüvə genomunda plastid və mitoxondri mənşəli DNT ardıcıllıqlarının yayılma spektri və miqyası aydınlaşdırılmış, bəzi plastid və mitoxondri genlərinin intakt nüvə nüsxələrinin ekspressiya olunmasına dəlalət edən faktlar aşkar edilmişdir.

1. Shahmuradov IA, MohamadRazali R, Bougouffa A, Radovanovich A, Bajic VB (2016) bTSSfinder: a novel tool for the prediction of promoters in Cyanobacteria and Escherichia coli. Bioinformatics, 2016 Sep 30, Epub ahead of print; DOI:10.1093/bioinformatics/btw629.

2. Shahmuradov IA, Solovyev VV (2015) Nsite, NsiteH and Nsite Mcomputer tools for studying transcription regulatory elements. Bioinformatics, 31,3544-3545

3. Shahmuradov IA, Abdulazimova A.U., Khan F.Z., Solovyev V.V., MustafayevN.Sh., AkbarovaY.Yu., Qamar R., Aliyev J.A. ThePlantProm DB: recentupdates. In: Proceddings of the 2012 International Conference on Biomedical Engineering and Biotechnology (iCBEB), 28-30 May 2012, Macau, China (http://www.icbeb.org/index.aspx)

4. Solovyev VV, Shahmuradov IA, Salamov AA (2010) Identification of promoter regions and regulatory sites. In: Computational Biology of Transcription Factor Binding (Methods in Molecular Biology). Editor: IstvanLadunga. Springer Science+Business Media, Humana Press, 2010, 674, Chapter 5, DOI 10.1007/978-1-60761-854-6_5.

5. Akhtar MN, Bukhari SA, Fazal Z, Qamar R, Shahmuradov IA (2010) POLYAR, a new computer program for prediction of poly(A) sites in human sequences. BMC Genomics, 11:646

6. Shahmuradov IA, Abdulazimova A.U., Aliyev JA, Qamar R, Chohan S, Solovyev VV (2010) Mono- and Bi-Cistronic Chimeric mRNAs in Arabidopsis and Rice Genomes. Applied and Computational Mathematics, 9, 19-33

7. Akbarova YA, Shahmuradov IA, Solovyev VV (2010) Possible Functional and Evolutionary Role of Plastid DNA Insertions in Rice. Applied and Computational Mathematics 2010, 9, 66-81

8. Shahmuradov IA, Solovyev VV, Gammerman AJ (2005) Plant promoter prediction with confidence estimation. Nucleic Acids Research 33(3):1069-1076

9. Shahmuradov IA, Gammerman AJ, Hancock JM, Bramley PM, Solovyev VV (2003). PlantProm: a database of plant promoter sequences. Nucl. Acids. Res. 31: 114-117

10. Shahmuradov IA, Solovyev VV (2003) PromH: promoters identification using orthologous genomic sequences. Nucl. Acids. Res., 31, 3540–3545

11. Shahmuradov IA, AkbarovaYYu, Solovyev VV, Aliyev JA (2003) Abundance of plastid DNA insertions in nuclear genomes rice and Arabidopsis. Plant Molecular Biology, 52, 923-934

12. Gordon L, ChervonenkisAYa, Gammerman A.J., Shahmuradov IA, Solovyev VV (2003). Sequence alignment kernel for recognition of promoter regions. Bioinformatics, 19, 1964–1971

13. Gordon L, ChervonenkisAYa, Gammerman AJ, Shahmuradov IA, Solovyev VV (2003) In: “Advanced in Intelligent Data Analysis V”, Proceedings of 5th International Symposium on Intelligent Data Analysis (IDA 2003), Berlin, Germany, 2003 (Eds.:Merthold M.R., Lenz H-J., Bradley E., Kruse R., Borgelt C.), Springer, 2003, p. 386-3

14. Shahmuradov IA, Akberova YY, Mustafayev NS.,Abdulazimova AU, Aliyev JA (2000) Computer analysis reveals a set of additional promoter elements upstream of maize plastid genes. In: Proceedings of The Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Novosibirsk, Russia, 2000, Part 1, p.142-144

15. Mamedov AC, Shahmuradov IA, Suleymanova ZJ, Aliev JA (1998) Some peculiarities of Cicerarietinum chloroplast genome. In: "Photosynthesis: Mechanisms and Effects”. Budapest, Vol. IV, Kluwer Academic Publishers, Netherlands, 1998, 3039-3042

16. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Phylogenetic analysis of Alu repeats. In: "Computer analysis of genetic macromolecules . Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 181-186

17. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Evolutionary dynamics of the number of Alu repeats in Human genome. - In: "Computer analysis of genetic macromolecules . Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 186-192

18. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Computer simulation of Alu repeat evolution. - In: "Computer analysis of genetic macromolecules . Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 192-196

19. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shahmuradov IA (1993) Distribution of Alu repeats in the genome: cluster formation and specificities of insertion sites. - In: "Computer analysis of genetic macromolecules . Structure, Function and Evolution", World Scientific, 1993, 197-205 Kapitonov VV, Shakhmuradov IA, Kolchanov NA (1989) Evolution of Alu repeats: Imitation model. Genetics (USSR/Russia), 25,1111-1118

20. Shakhmuradov IA, Kapitonov VV, Kolchanov NA, Omelyanchuk LV (1989). Evolution of Alu repeats: Dynamics of propagation in genome. Genetics (USSR/Russia), 25, 1682-1689

21. Kolchanov NA, Shakhmuradov IA, Kapitonov VV, Omelyanchuk LV (1988) Evolutionary aspects of the mammalian Alu repeats. Molecular Biology (USSR/Russia), 22, 1335-1344

22. Kapitonov VV, Kolchanov NA, Shakhmuradov IA, Solovyev VV (1987) The existence of the sites homological to the regulatory site of heat-shock in mobile genetic elements. Genetics (USSR/Russia), 12, 2112-2119

23. Bogachev SS, Blinov AG, Blinov VM, Gaidamakova EK, Kolesnikov NN, Kiknadze II, Shakhmuradov IA (1986) Some structural elements in DNA sequence from Balbiani ring of IV Chromosome of Chironomusthummi. Proceedings of Academy of Sciences of (former) USSR (now Russia), 288, 230-233

24. Shakhmuradov IA, Kolchanov NA, Solovyev VV, Ratner VA (1986) Enhancer-like structures in middle repetitive DNA elements of eukaryotic genomes. Genetics (USSR/Russia), 22, 357-367

2. YUNESKO-nun "Bioetika, Elm və Texnologiyaların Etikası" Azərbaycan Milli Komitəsinin üzvü.

ilhambaku@gmail.com