Azərbaycan elminin tarixində elə şəxsiyyətlər var ki, onların fəaliyyəti yalnız yaşadıqları dövrün elmi və mədəni həyatı ilə məhdudlaşmayıb, sonrakı nəsillərin elmi dünyagörüşünün formalaşmasına da əhəmiyyətli təsir göstərib. Mirzə Cəfər Topçubaşovun həyatı və elmi irsi bu baxımdan xüsusi diqqətəlayiqdir. Onun çoxşaxəli fəaliyyəti Azərbaycan ziyalılarının dünya elminə verdiyi töhfələrin və milli elmi ənənələrin beynəlxalq akademik mühitdə təmsil olunmasının parlaq nümunəsidir.
Bu fikirləri açıqlamasında AMEA-nın akademik Ziya Bünyadov adına Şərqşünaslıq İnstitutunun şöbə müdiri professor Məryəm Seyidbəyli bildirib. O qeyd edib ki, 1819-cu ildə Sankt-Peterburq Universitetində şərq dillərinin, xüsusilə fars dilinin tədrisinə başlayan alim qısa müddətdə nüfuzlu pedaqoqlardan birinə çevrilib. 1823-cü ildə fars söz sənəti üzrə adyunkt-professor təyin olunması onun elmi-pedaqoji fəaliyyətində mühüm mərhələ olub. Sonrakı illərdə professor vəzifəsinə yüksəlməsi, ərəb və türk dillərinin tədrisində iştirakı universitet elmi qarşısındakı xidmətlərinin miqyasını göstərir.
Onun fikrincə, Mirzə Cəfər Topçubaşovun fəaliyyətinin əsas xüsusiyyətlərindən biri şərqşünaslığa yalnız dil və ədəbiyyat bilikləri çərçivəsində yanaşmaması idi. Alim Şərq xalqlarının tarixi-mədəni irsinin öyrənilməsini, yazılı mənbələrin tədqiqini və bu sahədə peşəkar mütəxəssislərin hazırlanmasını qarşılıqlı əlaqədə nəzərdən keçirirdi. Bu yanaşma şərqşünaslığın müstəqil elmi istiqamət kimi inkişafı üçün mühüm zəmin yaradıb. Məryəm Seyidbəyli bildirib ki, Topçubaşovun elmi araşdırmalarında Ənvəri Süheyli, Firdovsi, Nizami, Hafiz və Fəridəddin Əttar kimi Şərq mütəfəkkirlərinin yaradıcılığı mühüm yer tutub.
Şöbə müdirinin sözlərinə görə, Mirzə Cəfər Topçubaşovun fəaliyyətində Şərq əlyazmalarının və kitablarının öyrənilməsi, tarixi sənədlərin araşdırılması, eləcə də Sankt-Peterburq Publik Kitabxanasının Şərq əlyazmaları fondunun sistemləşdirilməsi ilə bağlı işlər də mühüm yer tutub. Tarixi mənbələrin qorunması və elmi dövriyyəyə daxil edilməsi Şərq xalqlarının intellektual irsinin gələcək nəsillərə çatdırılması baxımından xüsusi əhəmiyyət daşıyıb. Alimin elmi-təşkilati fəaliyyətinə də diqqətçəkən Məryəm Seyidbəyli qeyd edib ki, Mirzə Cəfər Topçubaşov Rusiya Arxeologiya Cəmiyyətinin təsisçilərindən biri olub və 1851–1855-ci illərdə cəmiyyətin Şərq şöbəsinə rəhbərlik edib. Bu fəaliyyət onun Şərq xalqlarının tarixi və mədəniyyətinin sistemli şəkildə öyrənilməsindəki rolunu və elmi təşkilatçılıq bacarığını nümayiş etdirir.
Professor əlavə edib ki, Topçubaşov elmlə təhsilin qarşılıqlı əlaqəsinə xüsusi əhəmiyyət verib, universitetdə uzun illər dərs deyərək müxtəlif sahələr üzrə mütəxəssislərin hazırlanmasına töhfə verib. 1869-cu ildə Sankt-Peterburq Universitetində onun adına mükafatın təsis edilməsi alimin universitet qarşısındakı xidmətlərinin qiymətləndirilməsinin göstəricisi olub. Məryəm Seyidbəyli vurğulayıb ki, Mirzə Cəfər Topçubaşovun elmi irsinin öyrənilməsi Azərbaycan şərqşünaslığının tarixi köklərini və milli elmi ənənələrin formalaşmasını daha dərindən anlamağa imkan verir. Onun fəaliyyəti Azərbaycan alimlərinin hələ XIX əsrdə beynəlxalq elmi mühitdə mühüm mövqelər tutduğunu, Şərq dillərinin və mədəniyyətlərinin tədqiqinə, elmi kadrların hazırlanmasına və universitet təhsilinin inkişafına əhəmiyyətli töhfələr verdiyini göstərir.